Česká republika musela vracet prostředky v souvislosti se zakázkou na monitorovací systém evropských fondů, tedy na IT systém připravovaný právě Ministerstvem pro místní rozvoj. Kvůli netransparentnímu výběrovému řízení vyčíslila Komise Česku korekci ve výši cca půl miliardy korun. Podnětem k neproplacení zakázky byl i audit týmu z Ministerstva financí, který jako první pochybení odhalil a auditní zprávu zaslal Evropské komisi. Je však důležité podotknout, že v době auditu bylo Ministerstvo financí řízeno právě Andrejem Babišem. Obvinění, že za korekcemi stojí udavač, tak není na místě. Po obdržení této zprávy pak Komise odmítla proplácet některé projekty až do skončení policejního vyšetřování, které vedla Policie ČR. Kvůli této pauze České republice vznikla škoda cca 820 milionů korun, korekce jako takové se však týkaly pouze zmíněné půl miliardy korun.

„Finanční korekcí / opravou se rozumí zrušení celého nebo části finančního příspěvku na operaci nebo program z veřejných zdrojů v souvislosti se zjištěnými nesrovnalostmi individuálního nebo systémového charakteru,“ vysvětluje informační portál Dotace EU.

Národní kontrolní úřad ve své zprávě (.pdf, str. 56) uvádí výtky k IT systému MS2014+: „V důsledku nesrovnalostí a následných finančních oprav se však u těchto projektů snížila míra spolufinancování z rozpočtu EU z plánovaných 85 % na přibližně 57 %, přičemž vzniklý rozdíl ve výši 216,39 mil. Kč jde zatím plně k tíži státního rozpočtu. Navíc výdaje na provozní podporu a rozvoj aplikace MS2014+ a výdaje na provozní služby byly od roku 2016 plně financovány ze zdrojů státního rozpočtu.“