Andrej Babiš podle tiskové zprávy na začátku února 2017 vložil všechny akcie společnosti Agrofert a SynBiol do dvou svěřenských fondů AB private trust I, jehož svěřenským správcem je podle částečného výpisu svěřenského fondu Zbyněk Průša, a AB private trust II, jehož svěřenským správcem je podle stejného zdroje Alexej Bílek.

Na fond AB private trust I dohlíží tříčlenná rada protektorů složená z Alexeje Bílka, Václava Knotka a Moniky Babišové. Na fond AB private trust II dohlíží obdobná rada ve složení Zbyněk Průša, Václav Knotek a Monika Babišová. Monika Babišová je druhá manželka Andreje Babiše. Zbyněk Průša od roku 1999 zastával post předsedy představenstva a generálního ředitele společnosti DEZA, která spadá pod Agrofert, v roce 2014 nahradil Andreje Babiše jakožto předseda představenstva Agrofertu. Alexej Bílek je právník, se kterým se Babiš podle serveru Hlidacipes.org přátelí od roku 1994. Právník Václav Knotek podle stejného zdroje působil v šestnácti Babišových firmách. Je jedním ze tří členů správní rady Babišovy Nadace Agrofert, kde kromě Knotka zasedá už pouze Babiš s manželkou Monikou. O Babišově úzké vazbě na Knotka svědčí například i skutečnost, že mu udělil svoji plnou moc při zastupování na jednání svých firem.

V květnu 2019 Evropská komise vydala návrh auditní zprávy (str. 18), podle které je Andrej Babiš už více než dva roky ve střetu zájmů, protože je stále v kontaktu se svými firmami. Podle zprávy Babiš ovládá dva svěřenské fondy a skrze ně ovládá skupinu Agrofert (str. 20). Přestože premiér své firmy převedl do svěřenských fondů, reálně na ně stále má vliv a také prospěch z jejich hospodaření.

Ve zprávě (str. 65) je dále uvedeno, že Agrofert celkově ztrácí nárok na evropské dotace za 451 milionů korun. Z toho 106 milionů už Unie proplatila (třeba u Lovochemie, částečně i u Wotanu), většinu má zatím Agrofert ve formě záloh od českých úřadů (pekárenská linka v Penamu).