Je to vlastně dědictví doby opoziční smlouvy Miloše Zemana a Václava Klause, kdy tehdy se pokusili vlastně úplně vyšachovat malé politické strany. Část těch úprav volebního zákona z roku 2000 zrušil potom o rok později Ústavní soud na návrh tehdejšího prezidenta Václava Havla. Nicméně ten deformovaný systém vlastně toho přepočtu podle té d'Hontovy metody zůstal zachován a fakticky znamená větší bonus pro vítěze.
Novela volebního zákona z roku 2000 byla zrušena Ústavním soudem, jelikož modifikovaná verze d'Hondtovy metody spolu s vysokým počtem volebních krajů příliš zvýhodňovala velké strany. Roku 2002 byla schválena úprava, která stále používá d'Hondtovu metodu, ale její mírnější verzi.
Současný volební systém do Poslanecké sněmovny má skutečně své kořeny v době opoziční smlouvy uzavřené mezi ČSSD, jejímž tehdejším předsedou byl Miloš Zeman, a ODS, jejímž předsedou byl Václav Klaus. Do té doby se používala tzv. Hagenbach-Bischofova metoda, která poskytovala mnohem rovnější poměrné zastoupení.
Změnu inicioval jeden z pěti doplňků k opoziční smlouvě, který zavazoval ODS a ČSSD zavést přepočet dle d'Hondtova systému do 1. ledna 2002. Těchto pět dodatků tvořilo tzv. Toleranční patent, přijatý společně ODS a ČSSD. Oslabení malých politických stran silně podporoval (.pdf, str. 1) Václav Klaus, neboť vlády tvořené koalicemi považoval za nestabilní. Změna zahrnovala mimo jiné i zavedení 35 volebních obvodů či modifikovaný d'Hondtův volební dělitel.
Podle této metody, v její klasické formě, se výsledky stran ve volebním kraji dělí postupně čísly 1, 2, 3 atd. podle toho, kolik je rozdělováno mandátů. Pokud se tedy rozdělují např. 4 mandáty, dělí se počet hlasů získaných stranou v daném volebním kraji postupně čísly 1–4. Výsledky se následně seřadí za sebe, přičemž mandáty připadnou stranám, jejichž podíly se umístily na prvních 4 místech. Pokud by tedy strana A získala 120 000 hlasů a strana B 31 000 hlasů, připadly by 3 mandáty straně A a 4. mandát straně B. Volební novela však tento systém upravila tak, že výsledky stran se dělily postupně čísly 1,42, 2, 3... opět podle počtu mandátů. V tomto případě však strana A získává všechny 4 rozdělované mandáty, strana B pak nemá mandát žádný.
Novelu zákona přijal parlament roku 2000, na návrh prezidenta Havla však její převážnou část zrušil Ústavní soud, a to včetně počtu volebních krajů a modifikované d'Hondtovy metody. Učinil tak v lednu roku 2001, přičemž důvodem bylo přílišné zvýhodnění velkých politických subjektů přepočtem pomocí modifikované d'Hondtovy metody spojený s vysokým počtem 35 volebních krajů.
V červnu téhož roku se vláda opět pokusila o úpravu volebního systému. Tentokrát byl však počet a velikost krajů shodný s kraji samosprávnými a pro přepočet hlasů na mandáty byla zvolena neupravená d'Hondtova metoda. Vládní návrh zákona prošel legislativním procesem a v lednu roku 2002 byl podepsán prezidentem republiky.
Ani stávající systém však není zcela poměrný, a tak např. nejsilnější hnutí ANO potřebovalo v posledních volbách 19 232 hlasů na jeden získaný mandát a naopak hnutí STAN (s nejméně získanými mandáty) 43 693 hlasů na mandát.
Je však nutné podotknout, že byť dnešní volební systém používá d'Hondtovu metodu, jeho disproporčnost nemá původ ve vládní novele z roku 2000 a zrušujícím nálezu Ústavního soudu, ale zejména v následné novele volebního zákona účinné od roku 2002, která reagovala právě na nález ÚS. Tato novela stanovila počet volebních krajů na 14 a znovu zavedla neupravenou d'Hondtovu metodu, což jsou klíčové proměnné pro současný způsob přepočtu hlasů.
Tvrzení Marka Výborného, že „deformovaný systém vlastně toho přepočtu podle té d'Hondtovy metody zůstal zachován“ tedy není pravdivé. Zachovány zůstaly ty části volebního zákona zavedené novelou v roce 2000, které nezaváděly „deformovaný systém přepočtu“, ale týkaly se jiných aspektů průběhu voleb. Naopak počet volebních krajů a modifikovaná d'Hondtova metoda, tedy proměnné určující míru deformace systému přepočtu hlasů, zrušeny byly.
Až do současnosti se používá d'Hondtova metoda, nicméně od roku 2002 se jedná o metodu neupravenou. Také s ohledem na snížený počet volebních krajů nelze tedy tvrdit, že byl zachován deformovaný systém přepočtu.
