Mezi základní dotační nástroje v oblasti zemědělství patří podle webu Ministerstva zemědělství převážně přímé platby, Program rozvoje venkova 2014–2020, Operační program Rybářství na období 2014–2020, dotace v rámci Společné organizace trhu, národní dotace a Podpůrný a garanční rolnický a lesnický fond (PGRLF). V České republice je akreditovanou platební agenturou, která zprostředkovává finanční podporu z Evropské unie a národních zdrojů, Státní zemědělský intervenční fond, který spadá pod Ministerstvo zemědělství.

Poslední dostupná data o objemu prostředků jsou z roku 2018 (.pdf). V rámci přímých plateb bylo zemědělcům v roce 2018 vyplaceno celkem 22 341 023 000 Kč (str. 9), v Programu rozvoje venkova bylo vynaloženo 13 209 817 000 Kč (str. 18), v OP Rybářství bylo vyplaceno 140 749 000 Kč (str. 36), v rámci Společné organizace trhu byla vyplacena částka 1 055 912 000 Kč (str. 14) a v rámci národních dotací bylo čerpáno 3 378 417 000 Kč (str. 39). V rámci PGRLF byla vyplacena podpora (.pdf, str. 7) ve výši 1 068 000 000 Kč. Celkem se tedy jednalo o dotace v zemědělství ve výši ‭41 193 918 000‬ Kč (jak z evropských, tak národních zdrojů).

Z výše uvedeného výčtu jsou tedy nejvyužívanějšími dotačními zdroji přímé platby a Program rozvoje venkova.

Přímé platby zahrnují jednotnou platbu na plochu (SAPS), platbu za greening (ozelenění), příplatek pro mladé zemědělce a dobrovolnou podporu vázanou na produkci citlivých komodit (VCS). Z výroční zprávy pro přímé platby za rok 2018 (.pdf) vyplývá, že největší objem je vydáván na SAPS a ozelenění (str. 6), konkrétně 12, respektive 6,6 mld. Kč. V roce 2018 dostal zemědělec, který si o platby požádal, za každý hektar 3 388 Kč v rámci SAPS a 1 877 Kč/ha v rámci ozelenění (str. 10). Logicky tedy vyplývá, že čím větší farmy, tím větší obnos přímých plateb.

Hlavním cílem Programu rozvoje venkova (dále jen Program) je obnova, zachování a zlepšení ekosystémů závislých na zemědělství prostřednictvím zejména agroenvironmentálních opatření, dále investice pro konkurenceschopnost a inovace zemědělských podniků, podpora vstupu mladých lidí do zemědělství nebo krajinná infrastruktura. Program se člení do několika projektových opatření (.pdf). Kritiku Programu vyvolala kontrolní zpráva Nejvyššího kontrolního úřadu, který se zaměřil na čerpání a řízení opatření Spolupráce v rámci Programu v letech 2014–2017. Ve vyhodnocení zprávy se uvádí, že „MZe podporu zaměřilo především na velké zpracovatelské podniky, které místo výdajů na vědu a výzkum vynakládají prostředky na pořízení strojů a technologií. K podpoře malých a středních podniků nedochází, jelikož realizace operací zaměřených na jejich podporu je neúspěšná“ (str. 3).

Kritika kvůli vyplácení dotací velkým podnikům se snesla i PGRLF, který vyplácel dotace i firmám, které na ně podle Nadačního fondu proti korupci neměly právo. Mezi problematické příjemce státních peněz patří firmy i z holdingu Agrofert, který premiér Andrej Babiš sice vložil do svěřeneckého fondu, nicméně přerušení jeho vazeb na koncern je sporné a je kritizováno především ze strany Evropské komise, jak ukazuje například text jejího posledního auditu k evropským dotacím (str. 42–58).

Koncern Agrofert v roce 2018 podle výroční zprávy (.pdf, str. 108) získal dotace na zemědělskou a jinou činnost ve výši ‭1 794 243 000‬ Kč. Přímo v rámci přímých plateb a z Programu rozvoje venkova koncern v roce 2018 získal 704 000 000 Kč, respektive 124 000 000 Kč. Celkem více než 828 000 000 Kč, tedy přibližně 2 % všech zemědělských dotací v roce 2018. Celková výše provozních dotací přijatých koncernem Agrofert za rok 2018 však činila 1,5 miliardy. Podle výpočtů Hospodářských novin byl v roce 2017 koncern Agrofert největším příjemcem zemědělských dotací, za ním s velkým odstupem figurují koncerny Agro Měřín, Spojené farmy nebo Rabbit. K podobným výsledkům se dopracoval i server Aktualne.cz.