Systém čerpání zemědělských dotací je kritizován kvůli zvýhodňování velkých koncernů i ze strany NKÚ. Koncern Agrofert, který premiér Babiš vložil do svěřeneckého fondu, je největším příjemcem zemědělských dotací. V roce 2018 získal na přímých platbách cca 1,5 miliardy korun.