Z počátku distribuční systém, ve kterém si distribuci zajišťovalo zvlášť ministerstvo zdravotnictví a zvlášť ministerstvo vnitra, kritizovali především krajští hejtmani i zdravotnická zařízení a ministr vnitra Jan Hamáček. Po příletu ukrajinského nákladního letounu An-124 Ruslan do Pardubic dne 21. března 2020 si náklad na místě rozdělili hasiči za ministerstvo vnitra a armáda za ministerstvo zdravotnictví.
Vláda změnila systém distribuce v pondělí 23. března 2020 v nařízení (.pdf), které rozšířilo pravomoc ministerstva vnitra, které tak může zásobovat státní i nestátní zdravotnická zařízení.
Samotný centrální systém distribuce ochranných prostředků se nyní vztahuje na všechny cílové skupiny, tedy i na fakultní nemocnice, páteřní nemocnice v krajích, záchranáře a další. Hasiči nejdříve dodávky rozvezou do krajů, kde se zásoba rozdělí pro všechny orgány.