Ministr zemědělství Marek Výborný před volbami oznámil, že začal po firmách koncernu Agrofert vymáhat dotace, které holding získal v letech 2017 až 2021 v době působení Andreje Babiše ve vládě. Výborný uvedl, že resort bude chtít vrátit více než 7 miliard korun. Tato částka podle vyjádření Výborného zahrnuje nejen národní dotace, ale velkou část tvoří také tzv. nárokové (přímé) dotace z evropských fondů, jejichž výše se odvíjí od výměry obhospodařované půdy. Ministerstvo zemědělství zpětné vymáhání dotací zdůvodňuje tím, že byl podle něj Andrej Babiš v dané době ve střetu zájmů, a Agrofert tak na ně tehdy neměl nárok.

Zákon o střetu zájmů od února 2017 zakazuje členům vlády, aby firmy, ve kterých mají alespoň čtvrtinový podíl, mohly čerpat dotace a investiční pobídky nebo získávat veřejné zakázky. Krátce před nabytím účinnosti této úpravy převedl tehdejší ministr financí Andrej Babiš společnosti Agrofert a SynBiol do svěřenských fondů. Tyto fondy spravovali např. jeho spolupracovníci, včetně jeho tehdejší partnerky Moniky Babišové. Soudy nicméně opakovaně rozhodly, že Andrej Babiš Agrofert i nadále fakticky ovládal, a byl tedy ve střetu zájmů.

Ministerstvo zemědělství nyní uvádí, že Agrofert získal dotace neoprávněně, včetně těch nárokových, a odkazuje se na to, že to potvrzují rozhodnutí soudů. Dříve naopak resort dotace vymáhat nechtěl a argumentoval tím, že se soudní verdikty týkaly jen případů, kdy se firmy soudily kvůli neproplaceným dotacím, a nešlo tedy o případy dotací už vyplacených. Redaktoři serveru iROZHLAS.cz zároveň letos v srpnu upozornili, že podle jejich zjištění dosavadní rozsudky explicitně nezmiňovaly neoprávněnost nárokových dotací. Tím ostatně argumentují i zástupci holdingu Agrofert. Výborný se ve vyjádření pro iROZHLAS.cz odkazoval na právní analýzu, kterou si vláda nechala zpracovat, podle níž se ustanovení v zákoně o střetu zájmů na poskytování nárokových dotací vztahuje. Sám ale dříve uváděl, že na nárokové dotace se zákon o střetu zájmů nevztahuje.

Částka 7 miliard, kterou chce Ministerstvo zemědělství od firem holdingu Agrofert vymáhat zpět, zahrnuje i několik miliard tzv. nárokových dotací. Na základě veřejně dostupných zdrojů ale nelze s určitostí stanovit, zda byly tyto nárokové dotace vyplaceny neoprávněně. Výrok Petra Fialy proto hodnotíme jako neověřitelný.