Projekt sKaret od počátku provázela řada problémů právě se zaváděním, s nedokonalou legislativou, výhrady ombudsmana, výhrady Úřadu pro ochranu osobních údajů a mnoha dalších.
Projekt sKaret byl skutečně různými institucemi často kritizován. Do procesu výběrového řízení na vydávání sKaret nejprve zasáhl Úřad pro ochranu hospodářské soutěže. Ten nejprve 27. září 2011 zakázal smlouvu na plnění veřejné zakázky uzavřít. Toto rozhodnutí nicméně 9. prosince 2011 zrušil (.pdf).
Patrně nejrozsáhlejší soubor kritických argumentů přinesl ve svém stanovisku (.pdf) ombudsman Pavel Varvařovský. Poukázal především na problematické aspekty nové právní úpravy, například v souvislosti se zpoplatněním některých úkonů, směšování funkcí výplaty sociálních dávek a identifikačního průkazu ZTP, případně nedostatečného právního ošetření ochrany osobních údajů.
Ministerstvo práce a sociálních věcí bylo též kritizováno Úřadem pro ochranu osobních údajů. Podle něj projekt sKaret nebyl v ucelené podobě předložen k meziresortnímu připomínkovému řízení, a tedy všechna potenciální rizika nemohla být kvalifikovaně posouzena (viz tiskovou zprávu ÚOOÚ z 3. prosince 2012).
Mezi výrazné kritiky patří též Národní rada osob se zdravotním postižením, která ve svém vyjádření projekt sKaret principiálně odmítla. Na základě výše uvedeného přehledu lze tedy výrok hodnotit jako pravdivý.
V poslední době se znovu živě diskutuje o projektu sKaret. Některé hlasy volají dokonce po jejich úplném zrušení. Ministerstvo práce a sociálních věcí se snaží vyjednat novou podobu smlouvy s Českou spořitelnou a vyhovět kritic...