Systém fakultních nemocnic byl dvakrát oddlužen během, a to během jejich převodu na krajské úřady v letech 2003 a 2004. Ze státního rozpočtu bylo na tyto transakce vládou vyčleněno celkem 3,4 miliardy korun. V roce 2006 bylo do oddlužení fakultních nemocnic investováno dalších 1,6 miliardy korun, polovinu této částky zaplatilo ministerstvo zdravotnictví a druhou polovinu ministerstvo financí. Posledním případem oddlužení fakultních nemocnic, bylo oddlužení dvou pražských nemocnic(nemocnice v Motole a Všeobecné fakultní nemocnice) v roce 2008, které vyšlo na 1,2 miliardy korun.

V odůvodnění předchozího výroku je také dohledatelné, že část závazků nemocnic stát vypořádal již v roce 1998.

Oddlužení systému fakultních nemocnic (nebo dílčích částí) proběhlo čtyřikrát a celkem do něj bylo investováno 6,2 miliardy korun.