Jednání koaliční rady jsou upravena koaliční smlouvou (.pdf, str. 23), přičemž samotné schůze rady jsou veřejnosti nepřístupné. Navzdory tomu po jednání šéf poslanců ANO Faltýnek oznámil, že „ministrovi zemědělství se nelíbí, že by i vodoprávní řízení mělo být sloučeno do jednoho řízení.“
Do jednání rady, které se uskutečnilo 14. března, se KDU-ČSL nijak zásadně vůči stavebnímu zákonu nevyhrazovala, resp. o vyjmutí vodních děl nežádala. V září 2016 ministryně uvedla, že „v (našem) návrhu bylo, aby veškerá vodní díla byla součástí koordinovaného řízení. Vláda schválila, že budou součástí pouze u některého typu staveb.“Koncem listopadu téhož roku ministerstvo zemědělství zablokovalo snahu o začlenění vodohospodářských staveb do integrovaného řízení. Poslanci za KDU-ČSL na 55. schůzi vyslovili požadavek na vyjmutí vodních děl ze stavebního zákona. Svůj požadavek odůvodnili případnými spory ve vlastnických nárocích na stavbu na pozemku vlastníka, resp. tvrdili, že nebude jasné, kdo se má o vodní dílo starat, komu patří.
Některé koaliční strany a ministerstvo zemědělství tak hrozí, že stavební zákon již nepodpoří.