Europoslanec Zahradil se mnohokrát zastával myšlenky umístění vojenského zařízení v ČR. ODS během období 2002-2006, kdy byla v opozici, představila souhrn programových cílů strany pod názvem Modrá šance. Část k zahraniční politice sepsal Jan Zahradil jako stínový ministr zahraničí. Tento text Realismus místo iluzí obsahoval mimo jiného také tezi na podporu přítomnosti sil NATO v členských zemích Aliance:

" Americká angažovanost v Evropě v rámci NATO je pro nás zárukou obrany obecných zájmů euroatlantické civilizace a dlouhodobě nezbytnou podmínkou evropské bezpečnosti a stability. Proto existenci různých forem americkévojenské přítomnosti v členských zemích NATO budeme i nadále podporovat. " (str. 12)

K výstavbě amerického radaru v ČR Zahradil v dubnu 2008 v textu Radar a eurosmlouva - spojité nádoby napsal: „...ODS musí stejnou míru odpovědnosti požadovat minimálně od svých koaličních partnerů, ale v zásadě i od opozice. Musí jasně říci, že nepřipustí ohrožení nejdůležitějšího strategického projektu na území ČR, který se tu po roce 1989 objevil a na němž máme možnost se podílet...“

V březnu 2014 se Zahradil v Lidových novinách vyjádřil k radaru v souvislosti s krizí na Ukrajině. V článkuNATO nám ještě bude dobré píše:

" Ruská strategie je i reakcí na dlouhodobou Obamovu politiku snižování vojenské přítomnosti v Evropě, armádních škrtů i opomíjení strategického významu střední a východní Evropy, jehož výrazem bylo mj. zastavení projektu protiraketové obrany v ČR (na němž se ovšem podstatnou měrou podepsala i naše domácí pátá kolona, která nyní mlčí). Není proto náhodou, že bývalý Obamův protikandidát senátor McCain v kontextu posledních událostí myšlenku protiraketové obrany oživil. Kromě svého skutečného vojenského potenciálu – který by na současný ruský postup měl minimální dopad – by protiraketový systém měl i svou přenesenou váhu. V dobách studené války se tomu říkalo doktrína zadržování a zdá se, že tento pojem by mohl nabýt nové aktuálnosti."