Kraj vznikal dost v porodních bolestech (...) my jsme neměli krajské ředitelství policie, krajský soud, integrovaný záchranný systém. To jsou věci, co se musely dávat dohromady, to jsou věci, co fungujou.
Kraj vznikl (.pdf, str. 85) v roce 2000 (účinností zákona č. 347/1997 Sb.) a byl tvořen 5 okresy ze 3 bývalých krajů (Jihlava, Třebíč a Žďár nad Sázavou byly původně Jihomoravský kraj, Havlíčkův Brod byl ve Východočeském kraji a Pelhřimov v Jihočeském kraji).
V roce 2008 byla zřízena jihlavská pobočka Krajského soudu v Brně. Případy z okresu Havlíčkův Brod stále vyřizuje Krajský soud v Hradci Králové a případy z Pelhřimova Krajský soud v Českých Budějovicích.
Krajské ředitelství policie kraje Vysočina vzniklo až v roce 2010.
Integrovaný záchranný systém je vymezen zákonem č. 239/2000 Sb. Před rokem 2000 tedy IZS nefungoval, ačkoliv základy pro spolupráci byly položeny v roce 1993. Integrovaný záchranný systém slouží při mimořádných událostech (např. povodních), kdy je třeba provádět současně záchranné a likvidační práce pomocí několika složek IZS. Těmi jsou Hasičský záchranný sbor, Policie České republiky, zdravotnická záchranná služba a dílčí jednotky požární ochrany. Integrace těchto složek pak významně usnadňuje koordinaci práce sborů, ale také komunikaci s obyvatelstvem.
