Jaroslav Kubera patřil k hlasitým odpůrcům Lisabonské smlouvy a během hlasování hlasoval proti ratifikaci. Stejné stanovisko zaujalo 20 senátorů včetně něj, nikoliv 19. Celkově však senát návrh přijal a dal tak souhlas k ratifikaci.
Hlasování o vládním návrhu, který se předkládá Parlamentu ČR k vyslovení souhlasu s ratifikací Lisabonské smlouvy, proběhlo 6. května 2009. Pro ratifikaci se vyjádřilo 54 senátorů, k přijetí bylo zapotřebí 49 hlasů. Proti pak bylo 20 senátorů a 5 přítomných se hlasování zdrželo. Projednávání smlouvy v Senátu začalo už v dubnu 2008. Přes poměrně silnou kritiku řady senátorů argumentujících její nevýhodností však nakonec došlo k udělení souhlasu s její ratifikací.