Andrej Babiš mluví o tom, že tři z jeho bývalých firem (převedených do svěřenských fondů) mají spor s Finanční správou. Které konkrétně to jsou a v jaké věci se jich tento spor týká, nelze dohledat. Pokud však přijmeme Babišovu tezi o tom, že jeho firma je ve sporu s Finanční správou, ergo ji ministr financí neřídí, je třeba upozornit na některá fakta.

Předně je zde zákon o Finanční správě České republiky. Ten v § 1 odst. 3 uvádí, že „Generální finanční ředitelství je podřízeno Ministerstvu financí (dále jen‚ministerstvo‘). Odvolací finanční ředitelství je podřízeno Generálnímu finančnímu ředitelství. Finanční úřady jsou podřízeny Odvolacímu finančnímu ředitelství.“

Podle zákona ovšem ministerstvo financí skutečně nemá přímý dohled nad jednotlivými kauzami nebo událostmi. Kompetence jsou stanoveny tak, že ministr neúkoluje Finanční správu v jednotlivých konkrétních záležitostech její působnosti. Ovšem není to zcela tak, jak líčí Babiš, když se od svých možností vlivu na Finanční správu zcela oprošťuje. Ministerstvo svými pověřeními např. uděluje věcnou působnost Generálnímu fin. ředitelství.

Můžeme rovněž poukázat na nedávné zrušení tzv. udavačského webu v rámci systému EET, což provedla Finanční správa, a to z rozhodnutí ministra, který k tomu řekl:

„Já jsem rozhodl, že se zruší ten web. Já jsem o tom webu nevěděl“.