Zákon o střetu zájmů (§ 4) zakazuje veřejným funkcionářům podnikat nebo provozovat jinou samostatnou výdělečnou činnost. Z tohoto důvodu byl Andrej Babiš nucen vystoupit ze své bývalé společnosti Agrofert.

Andrej Babiš podle tiskové zprávy na začátku února 2017 vložil všechny akcie společností Agrofert a SynBiol do dvou svěřenských fondů: AB private trust I, jehož svěřenským správcem je podle částečného výpisu svěřenského fondu Zbyněk Průša, a AB private trust II, jehož svěřenským správcem je podle stejného zdroje Alexej Bílek. 

Na fond AB private trust I dohlíží tříčlenná rada protektorů složená z Alexeje Bílka, Václava Knotka a Moniky Babišové. Na fond AB private trust II dohlíží obdobná rada ve složení Zbyněk Průša, Václav Knotek a Monika Babišová. Monika Babišová je druhá manželka Andreje Babiše. Zbyněk Průša od roku 1999 zastával post předsedy představenstva a generálního ředitele společnosti DEZA, která spadá pod Agrofert. V roce 2014 Průša nahradil Andreje Babiše jakožto předseda představenstva Agrofertu. Alexej Bílek je právník, se kterým se Babiš podle serveru Hlidacipes.org přátelí od roku 1994. Právník Václav Knotek podle stejného zdroje působil v šestnácti Babišových firmách. Je jedním ze tří členů správní rady Babišovy Nadace Agrofert, kde kromě Knotka zasedá už pouze Babiš s manželkou Monikou. O Babišově úzké vazbě na Knotka svědčí například i skutečnost, že mu udělil svoji plnou moc při zastupování na jednání svých firem.

Tyto skutečnosti vyvolávají různé pochybnosti a úvahy o možném střetu zájmů z důvodu nepřímé propojenosti Andreje Babiše s jeho bývalými firmami. Z právního hlediska se však nedá říci, že by Andrej Babiš firmy přímo vlastnil.