Tzv. migrační kvóty, tedy systém přerozdělování žadatelů o azyl, byly schváleny v září 2015 na jednání Rady EU. Proti návrhu se vyslovili Češi, Slováci, Maďaři a Rumuni. Za Česko tehdy zavedení kvót odmítl někdejší ministr vnitra Milan Chovanec (ČSSD). Podle platných unijních pravidel došlo k přijetí návrhu, protože nebylo potřeba souhlasu všech členských států, ale jen kvalifikované většiny. Dodejme, že ministr vnitra Chovanec v Radě kvóty opakovaně kritizoval.

Rozhodnutí Rady EU z 22. září 2015, které kvóty zavedlo, určilo počet uprchlíků přidělených každému členskému státu. Česká republika měla přijmout, i přes odmítavé stanovisko ČR, respektive Milana Chovance, 376 osob z Itálie a 1 215 migrantů z Řecka. Již před tím se Česko dobrovolně zavázalo přijmout 1 100 uprchlíků z Řecka a Itálie a 400 z dalších zemí. Vládě tento návrh předložil Milan Chovanec, ta jej jednomyslně přijala (.doc, str. 6).

Česká republika měla nakonec přijmout 2 600 lidí. V červnu 2017 se nicméně česká vláda v čele s tehdejším premiérem Bohuslavem Sobotkou na návrh ministra vnitra Milana Chovance usnesla na pozastavení přijímání azylantů na základě přerozdělovacích kvót. Z celkového počtu 2 600 lidí česká vláda přijala pouze 12.

V říjnu 2017 (.pdf) předsedové vlád zemí EU v rámci jednání Evropské rady, na níž Českou republiku zastupoval tehdejší premiér Bohuslav Sobotka, vyzvali k využívání dobrovolných programů přesidlování (.pdf, str. 2). Summit rovněž určil, že nové uprchlické kvóty bude možné přijmout jen jednomyslně. Uprchlické kvóty tak již nemohly být povinné, neboť státy odmítající kvóty už nemohly být přehlasovány. Např. Deník N k tomuto uvádí: „Povinné kvóty tak de facto padly již před nástupem Babiše do pozice premiéra.“

Dodejme, že na výlučně dobrovolném přebírání migrantů se lídři EU dohodli na summitu na konci června 2018 (.pdf, str. 2, bod 6), kdy již funkci českého premiéra zastával Andrej Babiš. Tato dohoda ovšem jen definitivně potvrdila závěry z října 2017.

Z výše uvedeného tedy vyplývá, že vláda Bohuslava Sobotky (na návrh Milana Chovance a s jeho souhlasem) nejprve rozhodla o dobrovolném přijetí 1 500 migrantů, následně jí byla uložena rozhodnutím Rady EU povinnost přijmout téměř 1 600 lidí. Proti tomuto a dalšímu navyšování počtu přijímaných lidí se již postavil tehdejší ministr vnitra Chovanec. Milan Chovanec se také na jednání Rady EU vyslovil proti přijetí povinných migračních kvót a následně inicioval zastavení přijímání migrantů. 

Číslo 2 600, o kterém mluví Andrej Babiš, se v minulosti v médiích vyskytovalo v souvislosti s počtem migrantů, které mělo Česko přijmout z Řecka a Itálie. Tehdejší vláda i její ministr vnitra nicméně souhlasili jen s přijetím 1 100 migrantů z Řecka a Itálie, přijetí zbývajících více než 1 500 vyplývalo z rozhodnutí Rady EU, se kterým česká vláda nesouhlasila.

Není také pravdou, že by bývalý předseda vlády „Sobotka vůbec nic nedojednal,“ jak se domnívá Andrej Babiš. Bohuslav Sobotka se účastnil klíčového jednání představitelů členských států EU. Ti se v říjnu 2017 dohodli na tom, že změny ohledně azylového systému musí být schváleny jednomyslně, což znamenalo faktický konec povinných migračních kvót. Výrok tedy hodnotíme jako nepravdivý.