Jan Lipavský se ve veřejném prostoru – ať už na Twitteru nebo na půdě Poslanecké sněmovny – o izraelsko-palestinském konfliktu nevyjádřil. V červnu 2020 pouze s dalšími evropskými politiky podepsal dopis, který kritizoval plánovanou izraelskou anexi osad nacházejících se na západním břehu Jordánu.

V květnu 2021 se konala schůzka předsedy Pirátů Ivana Bartoše a tehdejšího velvyslance Izraele v České republice Daniela Merona. Schůzky se účastnil rovněž Jan Lipavský. Ten oznámil, že se Pirátská strana v problematice izraelsko-palestinského konfliktu hlásí k tzv. evropskému mainstreamu, který uznává právo Izraele na existenci, zároveň jej ale kritizuje za přístup k Palestině.

V listopadu 2021 v rozhovoru pro Deník N Jan Lipavský podpořil dvoustátní řešení izraelsko-palestinského konfliktu, když prohlásil: „(…) ohledně izraelsko-palestinského konfliktu by měla prosazovat dvoustátní řešení, které bude vycházet z dohody obou hráčů.“ V této souvislosti lze uvést, že tento postoj je ve shodě s dlouhodobou zahraniční politikou České republiky, ale také např. se současnou pozicí USA k danému konfliktu. 

Výrok Radima Fialy tedy hodnotíme jako nepravdivý, jelikož Jan Lipavský ve veřejném prostoru nevyjádřil preference palestinskému hnutí Hamás. V otázce izraelsko-palestinského konfliktu pak apeluje na potřebu dvoustátního řešení.