Ve vládním usnesení č. 477 ze dne 30. května 2016 bylo schváleno rekordní navýšení státních prostředků vyčleněných na podporu výzkumu, experimentálního vývoje a inovací na 32,7 miliard Kč pro rok 2017. Z oficiálního záznamu z tohoto jednání je patrné, že pět členů vlády hlasovalo proti tomuto usnesení a sám ministr Babiš si pak na serveru lidovky.cz otevřeně stěžoval na to, že byl přehlasován v otázce růstu výdajů na českou vědu. To, jak jednotliví členové vlády hlasovali, bohužel není známo.

Stejný zdroj uvádí, že Babiš byl na jednání Vlády ČR přehlasován i v otázce uvolnění prostředků na budovu Nejvyššího kontrolního úřadu.