Policie ČR začala Čapí hnízdo vyšetřovat kvůli možným dotačním podvodům na základě tehdy anonymního trestního oznámení Tomáše Kaplera, podaného v září 2015. Policie své vyšetřování ukončila 26. března 2019. V dubnu byl spisový materiál k případu předán dozorujícímu státnímu zástupci Jaroslavu Šarochovi.

Na začátku září 2019 zveřejnil mluvčí městských státních zástupců Aleš Cimbala informaci, že Jaroslav Šaroch změnil v kauze Čapí hnízdo právní názor, což znamená, že státní zástupce navrhl zastavení trestního stíhání. 13. září 2019 potvrdil městský státní zástupce Martin Erazím rozhodnutí Jaroslava Šarocha a trestní stíhání Andreje Babiše bylo zastaveno.

Vrcholem soustavy státního zastupitelství v ČR je podle zákona č. 283/1993 Sb., o státním zastupitelství, Nejvyšší státní zastupitelství. V jeho čele v současnosti stojí JUDr. Pavel Zeman. Mezi pravomoci nejvyššího státního zástupce patří mimo jiné také kontrola již skončených věcí, které byly rozhodnuty státními zastupitelstvími nižších stupňů. Nejvyšší státní zástupce může po provedené kontrole uložit nižším úrovním státního zastupitelství závazný způsob nápravy. Přesto, že se jedná o výjimečnou pravomoc, má v současné době nejvyšší státní zástupce možnost ji v kauze Čapí hnízdo využít.

Ústava dává prezidentu ČR pravomoc abolice, tedy zastavení trestního řízení. Jedná se o tzv. kontrasignovanou pravomoc hlavy státu, pro jejíž platnost je nutný spolupodpis předsedy vlády nebo jím pověřeného člena vlády. Prezident Miloš Zeman 19. září 2019 na TV Barrandov připomněl, že prezident toto právo má, a uvedl: „Pokud by to bylo nutné, a já věřím, že to nutné nebude, pak bych k tomuto ústavnímu kroku sáhl.“ Kromě toho také řekl, že by své rozhodnutí považoval za politické.

Andrej Babiš prohlásil, že by abolici od prezidenta Miloše Zemana nepřijal. „Nastolování úvah o abolici ve chvíli, kdy existuje pravomocné rozhodnutí příslušného státního zastupitelství, je nesmyslné právně i politicky. Jen podněcuje napětí ve společnosti a pocity občanů, že je zpochybňován právní řád a rozhodnutí institucí právního státu. Že bych abolici nepřijal, jsem řekl již v minulosti,“ řekl pro ČT.

Kauza Čapí hnízdo se začala vyšetřovat po podání trestního oznámení v září 2015 a rozhodnutí o zastavení trestního stíhání padlo 13. září 2019. Můžeme tedy konstatovat, že šetření celé věci trvalo čtyři roky. Vzhledem k výše popsaným skutečnostem, jako je možnost přezkumu skončené věci Nejvyšším státním zástupcem a pravomoc prezidenta udělit abolici, neznáme jasný výsledek celé kauzy a nevíme, jaký bude její závěr.

To, že je kauza Čapího hnízda zpolitizovaná, je názor Radima Fialy, proto tuto část výroku nehodnotíme.