Farma Čapí hnízdo patřila ještě v roce 2007 pod názvem ZZN AGRO Pelhřimov do holdingu Agrofert, který Andrej Babiš vlastní. V prosinci téhož roku se firma přeměnila na akciovou společnost s akciemi na majitele. V dalším roce získala evropskou dotaci určenou pro malé a střední podniky, kterou by jako součást Agrofertu získat nemohla. Po několika letech se společnost vrátila zpátky pod Agrofert.
Andrej Babiš (spolu s dalšími osobami) byl v kauze Čapí hnízdo podezřelý z dotačního podvodu a poškozování finančních zájmů EU. Policie začala Čapí hnízdo vyšetřovat po podání trestního oznámení v září 2015.
Na konci března 2019 bylo ukončeno vyšetřování kauzy Čapí hnízdo. Státní zástupce Jaroslav Šaroch obdržel kompletní spis k rozhodnutí, zda bude podána obžaloba. Dne 2. září 2019 uveřejnil mluvčí státních zástupců Aleš Cimbala informaci, že žalobce Šaroch změnil právní názor v této kauze a trestní stíhání zastavil.
13. září 2019 městský státní zástupce Martin Erazím potvrdil rozhodnutí Jaroslava Šarocha a trestní stíhání Andreje Babiše (a dalších pěti osob) bylo zastaveno. O pár dní později zveřejnilo Městské státní zastupitelství v Praze na své elektronické úřední desce devadesátistránkové rozhodnutí (.pdf) Jaroslava Šarocha v kauze Čapí hnízdo. Některé části jsou kvůli ochraně osobních údajů začerněny.
V samotném usnesení státního zastupitelství uvedl Šaroch (.pdf, str. 90):
„Přestože považuji za prokázané, že zejména obv. Ing. XXXX, Ph.D. a obv. Ing. XXXX (podle deníku Právo jde o Janu Mayerovou a Andreje Babiše pozn. Demagog.cz) jednali vědomě účelově tak, aby byla poskytnuta dotace v rámci ROP NUTS 2 na výstavbu MKA ČH, a že existovalo spojení mezi společnostmi XXXX a XXXX, případně dalšími společnostmi ze skupiny XXXX, prostřednictvím fyzických osob, které jednaly společně, nepodařilo se opatřit důkazy, které by prokazovaly, že společnost XXXX nebyla v době podání žádosti o poskytnutí dotace či v následné době do rozhodnutí Výboru RR o poskytnutí dotace na realizaci projektu MKA, event. do uzavření smlouvy o poskytnutí dotace mezi společností XXX a Regionální radou, nezávislým podnikem a nesplňovala definici malého a středního podniku.“
Přesto, že Jaroslav Šaroch shledává jednání Andreje Babiše jako účelové a skutek se tedy podle státního zástupce stal, nelze jej údajně považovat za trestný čin. Vedoucí státní zástupce Martin Erazím se dle svých slov ztotožnil s právním názorem Jaroslava Šarocha. Z tohoto důvodu hodnotíme výrok jako pravdivý.