Spis ke kauze Čapí hnízdo obsahuje zhruba 23 tisíc stran. Tento spis je neveřejný, a proto není k dispozici veřejnosti ani ministru Zaorálkovi. Možnost nahlédnout do spisu upravuje § 65 zákona č. 141/1961 Sb., o trestním řízení soudním. Podle odstavce 1 tohoto paragrafu pouze "obviněný, poškozený a zúčastněná osoba, jejich obhájci a zmocněnci mají právo nahlížet do spisů (...). Totéž právo má zákonný zástupce nebo opatrovník obviněného, poškozeného nebo zúčastněné osoby, jestliže tyto osoby nejsou plně svéprávné nebo je-li jejich svéprávnost omezena. Jiné osoby tak mohou činit se souhlasem předsedy senátu a v přípravném řízení se souhlasem státního zástupce nebo policejního orgánu, jen pokud je toho třeba k uplatnění jejich práv."

Veřejně dostupné je Usnesení Městského státního zastupitelství v Praze v kauze Čapí hnízdo (.pdf). Tento dokument má 90 stran, z nichž byla velká část začerněna z důvodu ochrany osobních údajů zaangažovaných osob a podniků. Státní zástupce Jaroslav Šaroch v tomto dokumentu zastavil stíhání obviněných v kauze Čapí hnízdo. Šaroch v něm uvádí (str. 90), že se nepodařilo prokázat, že Čapí hnízdo nebylo nezávislým podnikem a nesplňovalo definici MSP (malého a středního podniku). V dokumentu však potvrzuje, že došlo k účelovému jednání ze strany obviněných ve snaze dosáhnout na dotace regionálního operačního programu NUTS 2.

Dále byla na některých zpravodajských webech zveřejněna přeložená zpráva OLAF (Evropského úřadu pro boj proti podvodům) týkající se kauzy Čapí hnízdo. Tato zpráva má 50 stran.