Andrej Babiš vstoupil do strany v roce 1980. Ke členství v KSČ se v roce 2013 Andrej Babiš vyjádřil následovně: „Byla to chyba. Byl jsem člen KSČ, ale donutila mě k tomu máma, která dělala vše pro to, abych se tam dostal kvůli kariéře.“ Údajně šlo o kariéru v podniku zahraničního obchodu Chemapol Bratislava, kam nastoupil v roce 1978. Ačkoliv premiér Babiš říká, že byl ve straně asi pět let, nám se toto tvrzení ověřit nepodařilo. Také tvrdí, že jeho působení ve straně bylo ukončeno z důvodu neplacení příspěvků. Deník E15 pak uvádí, že členem KSČ byl až do roku 1989.

Kromě toho se stal v roce 1980 také důvěrníkem a později agentem StB. 17. ledna 2012 podal Andrej Babiš žalobu na slovenský Ústav paměti národa kvůli archivním svazkům, ve kterých je zapsán jako agent. Od bratislavského soudu se tento případ dostal až ke slovenskému Ústavnímu soudu. Ten rozhodl o zrušení předchozích rozsudků krajského a nejvyššího soudu, podle nichž byl Babiš v archivech veden neoprávněně.

V obnoveném líčení krajský soud Babišovu žalobu zamítl. Celý případ chtěl Andrej Babiš poslat až k Evropskému soudu pro lidská práva, ten ovšem stížnost odmítl. Letos v dubnu přijal slovenský Ústavní soud k dalšímu řízení Babišovu stížnost, že v předchozích rozhodnutích došlo k porušení ústavy.