Evropská komise v dubnu 2013 upozornila (.pdf, str. 14) ČR, že nesprávně přejímá směrnici EIA o procesu posuzování vlivů na životní prostředí a veřejné zdraví. Zároveň s upozorněním vznesla požadavek na provedení vyhodnocení projektů, které již procesem EIA prošly na základě předchozí verze zákona. V případě nesplnění těchto požadavků hrozilo, že nebude možno dočerpat přidělené evropské dotace.

Kvůli této kolizi se zákonem EIA byly ohroženy důležité dopravní projekty ČR a vláda proto začala s Evropskou komisí vyjednávat podmínky, které by umožnily postavit alespoň prioritní stavby a pokračovat v čerpání evropských prostředků.

Vyjednávání s Evropskou komisí se nakonec vydařilo a vláda tak 24. srpna 2016 schválila nařízení stanovující prioritní dopravní záměry, které nemusejí proces EIA opakovat. Mezi tyto stavby patří úsek D3 - obchvat Českých Budějovic. Evropská komise si přitom pro tuto stavbu vyžádala zvláštní režim.

Podle ministerstva životního prostředí tento režim„spočívá v požadavku, aby oznamovatel v podkladu obsahujícím popis aktuálního technického řešení záměru a jeho vlivu na životní prostředí a veřejné zdraví uvedl i nástin studovaných hlavních variant a stěžejní důvody pro volbu vybrané varianty s ohledem k jejímu vlivu na životní prostředí“. Jiří Zimola tak celou situaci líčí pravdivě a výstavba obchvatu Českých Budějovic skutečně může pokračovat v čerpání evropských dotací.