Vedení Ministerstva pro místního rozvoj tvoří hned několik náměstků.
Náměstkem pro řízení sekce evropských a národních programů je Zdeněk Semorád,
náměstkyní pro řízení sekce koordinace evropských fondů a mezinárodních vztahů je Daniela Grabmüllerová,
náměstkyní pro řízení sekce výstavby a veřejného investování je Marcela Pavlová,
náměstkyní pro řízení sekce bydlení a sociálního začleňování je Jana Hanzlíková,
náměstkem pro řízení sekce informačních a komunikačních technologií je Jan Koudelka,
posledním náměstkem je David Koppitz, který je náměstkem sekce regionálního rozvoje, tato sekce má pod sebou odbor cestovního ruchu, jehož ředitelkou je Renata Králová.