Schválený rozpočet na rok 2025 počítá s výdaji kapitoly Ministerstva zemědělství ve výši zhruba 59 miliard Kč (.pdf, str. 34). Podle návrhu státního rozpočtu na rok 2026, který Ministerstvo financí zveřejnilo na konci srpna 2025, se výdaje Ministerstva zemědělství příští rok sníží přibližně na 55,2 mld. Kč (.pdf, str. 24–25 z 57), což představuje pokles o přibližně 3,7 miliardy Kč.

Ministr financí Zbyněk Stanjura později v debatě tvrdil, že se snížení týká pouze dotačních titulů, nikoli všech výdajů sektoru zemědělství. V návrhu rozpočtu však oproti roku 2025 dochází také k poklesu prostředků na výzkum, vývoj a inovace (.pdf, str. 32 ze 358).