Otázka, zda se za politikou Andreje Babiše neskrývají partikulární zájmy podnikatele,zazněla například v kontextu Elektronické evidence tržeb (EET) a kontrolních hlášení podnikatelů. Ty mají podle Babiše zlepšit výběr daní, hrozbou je případné zneužití dat v konkurenčním boji. Schopnost vlády ochránit citlivá data od soukromých podnikatelůzpochybnil například Miroslav Kalousek.
Z daňové legislativy pak vysloveně profitoval Babišův koncern a významný výrobce biopaliv Agrofert v souvislosti s jejich daňovým zvýhodněním, v září 2015 návrh projednávaný už od dubna odsouhlasilaSněmovna iEvropská komise. Výhodnost podpory biopaliv pro Agrofert Kalousekvyčíslil na 5 miliard. Toto tvrzení jsme v blogovém příspěvku uvedli na pravou míru, Babišův koncern sice tuto sumu fyzicky nedostane, nicméně z levnějších biopaliv profitovat bude z důvodu vyšší poptávky.
Kvůli střetu zájmů ohledně biopaliv se dokonce na28. schůzi Poslanecké sněmovny v květnu 2015 objevil neúspěšný návrh o vyslovení nedůvěry vládě ze strany opozice tvořené poslanci TOP 09, ODS a Úsvitu. Nejčerstvější kauzou ministra financí Babiše je pak Čapí Hnízdo, kvůli kterému se má Sněmovna sejít namimořádné schůzi 23. března 2016.Kauza samotná se sice stala dávno před vstupem Babiše do funkce ministra financí, nicméně z titulu svého současného postavení je auditním orgánem ve věci EU fondů, což vyvolává od jeho politické konkurence také řadu výtek.
Pouze telegraficky dopňme ještě kritiku, že do Babišových firem tečou veřejné zakázky (např. z Lesů ČR), či že Babišovy firmy ve velkém objemu participují na dotačních titulech ze státních i evropských peněz.
Ne všechna kritika vlády se týká problematiky střetu zájmů. Předseda ODS Petr Fiala premiéra Sobotkukritizoval za nezodpovědné hospodaření v době ekonomického růstu. Fiala rovněžpožadoval odvolání ministra obrany Martina Stropnického poté, co veřejně potvrdil, že vláda vyměnila pět českých unesených občanů za Libanonce Alí Fajáda. Tento krok mezi jinými kritizoval opět také Miroslav Kalousek.
Z citovaných zpráv nicméně vyplývá, že se podtext střetu zájmů v oblasti biopaliv ve Sněmovně řešil už od dubna 2015. Novější problematika EET a v neposlední řadě i Čapí Hnízdo se rovněž týkají Andreje Babiše coby podnikatele. Lze tedy říci, že střet zájmů byl častým námětem kritiky vlády.