Podle závěrů auditu Evropské komise dochází k porušování evropského i českého práva ze strany Andreje Babiše, protože stále ovlivňuje Agrofert.
Evropská komise ve finálním auditu potvrdila závěry předběžného auditu z května 2019 a vyhodnotila, že Andrej Babiš nepřímo ovládá firmu Agrofert. Evropská komise uvádí (Final audit, str. 18–19), že Babiš tak činí prostřednictvím svěřenských fondů, mimo jiné například jmenuje a odvolává členy Rady protektorů, jejíž součástí je i jeho manželka. Monika Babišová nyní zastává funkci rodinného protektora, bez které rada není usnášeníschopná.
„Considering the above governance features, in particular that Mr Babiš has defined the objectives of trust funds (notably the protection of his interests), set up their functioning and appointed all their actors, whom he can also dismiss, Mr Babiš currently exercises a decesive influence over the two trust funds. Mr Babiš therefore controls the two trust funds and, through these trust funds, he also controls the Agrofert group.“ (Final audit, str. 21)
Dle Evropské komise se premiér Babiš dostal do střetu zájmů, čímž porušil (Final Audit, str. 66 a 68) § 4 zákona č. 159/2006 Sb. i § 4c zákona č. 159/2006 Sb. a článek 61 nařízení EU č. 2018/1046 (.pdf, str. 57). Podle tohoto článku se osoby podílející se na plnění rozpočtu musí zdržet jednání v případě, že by mohlo dojít k ohrožení nestranného a objektivního výkonu funkcí, ať už z důvodu hospodářského nebo jiného osobního zájmu.
Komise došla k závěru, že české orgány nebyly (Final Audit, str. 68) schopny zajistit, aby nedocházelo k porušování zákona č. 156/2006 Sb. o střetu zájmů, čímž Česká republika porušila finanční pravidla EU vyplývající z článku 32 odst. 3 nařízení č. 2012/966 (.pdf, str. 25) a článku 36 odst. 3 nařízení EU č. 2018/1046 (.pdf, str. 44).
Do České republiky dorazila finální zpráva auditorů Evropské komise 29. listopadu 2019 v angličtině. Závaznou se ale stává až doručením českého překladu. Podle vyjádření mluvčího Evropské komise bude mít Česko od toho dne dva měsíce na to, aby sdělilo, jak plní obsažená doporučení. Po uplynutí dvouměsíční lhůty Evropská komise rozhodne o dalším postupu.
A fond stále Agrofertu dotace proplácí.
Státní zemědělský intervenční fond vydal 12. prosince 2019 tiskovou zprávu, ve které vysvětluje své rozhodnutí o proplacení dotace společnostem z koncernu Agrofert z konce listopadu 2019. Jde o dva projekty. Společnost Kladrubská, a. s. dostane téměř 3 miliony korun na nový nakladač a velkochovu vepřového dobytka Lipra Pork bude proplaceno více než 48 milionů korun na modernizaci chovů prasat v závodech.
Fond celkově vyplatí dotace ve výši 51,2 milionu korun, a to za období mezi únorem 2017, kdy Andrej Babiš vložil koncern do svěřenských fondů, a srpnem 2018, kdy začalo platit evropské nařízení o střetu zájmů.
SZIF se podle tiskové zprávy nachází v odlišném právním postavení než poskytovatelé dotací z kohezního fondu. Dle výkladu SZIF se poskytování dotací SZIF řídí jiným zákonem, a to zákonem č. 256/2000 Sb., o státním zemědělském intervenčním fondu. Platební agentura SZIF neposkytuje dotace ze státního rozpočtu, ale z rozpočtu SZIF.
SZIF vysvětluje v tiskové zprávě: „Ustanovení § 4c zákona o střetu zájmů spojuje zákaz poskytnout dotaci s postupem poskytovatele dotace podle rozpočtových pravidel. Na dotace poskytované SZIF se tedy toto ustanovení, jak je vysvětleno výše, nemůže vztahovat. SZIF se ani neřídí rozpočtovými pravidly při poskytování dotací, ani neposkytuje dotace ve smyslu jejich definičního vymezení v rozpočtových pravidlech.“
Ve vztahu k projektům schváleným od 2. srpna 2018 zůstává SZIF nadále v režimu předběžné opatrnosti a tyto projekty neproplácí.