Za působení Andreje Babiše na Ministerstvu financí ČR opravdu došlo k mnohým personálním změnám a také strukturálním reorganizacím. Zda se však jedná o "decimaci" a největší výměny za posledních 20 let, nehodnotíme.
Podívejme se na souhrn některých významných změn, které se za Babiše na MF odehrály. Andrej Babiš nastoupil do funkce ministra financí 29. ledna 2014. V únoru byli jmenováni mimo jiné náměstci Lukáš Wagenknecht (audit) a Simona Hornochová (daně). K 1. dubnu 2014 byla provedena organizační restrukturalizace a došlo k personálním změnám s cílem „zvýšení efektivity řízení ministerstva a zlepšení práce úřadu“, jak se píše v tiskové zprávě na webu MFCR.
Přehled změn na MF ČR v prvních třech měsících připravil web E15.cz:
"Pod Babišovým vedením se struktura MF zásadně proměnila:
29. ledna - Předseda hnutí ANO Andrej Babiš byl jmenován do funkce vicepremiéra a ministra financí.
1. února - Vedoucím tiskového oddělení a tiskovým mluvčím ministerstva financí (MF) se stal Marek Zeman. Ve funkci nahradil Ondřeje Šrámka.
3. února - MF informovalo, že novými náměstky byli jmenováni Lukáš Wagenknecht (finanční řízení a audit) a Simona Hornochová (daně a cla).
7. února - Novým šéfem legislativního odboru MF se stal Robert Pelikán. Ve funkci nahradil Michala Švorce.
10. února - MF informovalo, že novým ředitelem Finančního analytického útvaru (FAÚ) byl jmenován Libor Kazda. Předchozí ředitel FAÚ Milan Cícer z rodinných důvodů požádal o přeřazení na českobudějovické územní pracoviště Úřadu pro zastupování státu ve věcech majetkových.
17. února - Funkce náměstka pro hazard a majetek státu se ujal Ondřej Závodský. Řízením úřadu MF byl pověřen Jiří Nováček. Ministr Babiš zároveň odvolal náměstka Radoslava Bulíře, jenž se přesunul na pozici ředitele odboru pro rozvoj informačních technologií.
26. února - Ministr Babiš odvolal ředitele Státního dozoru nad sázkovými hrami a loteriemi Jana Řeholu. Řízením odboru byl pověřen Karel Blaha, který přišel z úřadu vlády.
Polovina března - Byl odvolán ředitel ministerského Auditního orgánu Václav Štraser, který kontroloval rozdělování evropských dotací.
18. března - Ministr Babiš odvolal ředitele Státní tiskárny cenin Richarda Bulíčka. Řízením podniku byla dočasně pověřena zástupkyně generálního ředitele Olga Dudková.
21. března - V tisku byla zveřejněna informace o odchodu Jana Málka z funkce ředitele kontrolního odboru MF.
24. března - Ministr Babiš odvolal k 1. dubnu náměstka pro finanční trh Radka Urbana.
31. března - Ministerstvo financí informovalo, že generální ředitel Úřadu pro zastupování státu ve věcech majetkových (ÚZSVM) Miloslav Vaněk odstoupí k 1. dubnu z funkce. Vedením úřadu byl dočasně pověřen náměstek ministra financí Ondřej Závodský.
1. dubna - Ministr Babiš odvolal náměstkyni pro mezinárodní vztahy Evu Anderovou, ředitele odboru Řízení a provoz ICT resortu Luďka Novotného, ředitele odboru Účetnictví a audit Petra Plesnivého a ředitele odboru Bezpečnost a krizové řízení Radomíra Kopa. Na ministerstvu financí skončil také ředitel odboru Hospodaření s majetkem státu Igor Fojtík.
- Řízení sloučené sekce finančního trhu a mezinárodních vztahů se ujal Martin Pros, kterého nominovala na náměstka koaliční ČSSD. Agenda strategických společností a investičních pobídek byla převedena přímo pod ministra Babiše. Odbor Kabinet ministra byl zrušen a místo něj vzniklo samostatné oddělení, které spadá do sekce Kabinet a řízení úřadu."
Někteří z nových náměstků však na ministerstvu nevydrželi: po neshodách s Babišem odešel v červnu 2015 Lukáš Wagenknecht, který vedl auditorský tým a dostal se do sporu s Karlou Šlechtovou ohledně pochybení v zakázce na systém monitorující čerpání dotací. (Wageknechtovi byl nabídnut post politického náměstka, ten však odmítl.) Odešel také náměstek pro mezinárodní vztahy Martin Pros (nominován ČSSD), a to poté, co bez Babišova vědomí požádal Českou národní banku o prověření manipulace s pražskou mezibankovní sazbou. (Pros poté přešel na Ministerstvo zahraničních věcí.) Z funkce náměstkyně odešla také Simona Hornochová (na starost měla daně): nepřihlásila se do výběrového řízení, které požadoval nový služební zákon, údajně proto, že jí Babiš oznámil, že už ji jako náměstkyni nechce. Odešel také náměstek pro veřejné rozpočty Jan Gregor, působil na ministerstvu už před Babišovým nástupem a odešel do Evropského účetního dvora.