O návrhu na vznik vyšetřovací komise k reorganizaci police poslanci hlasovali na své 48. schůzi 26. 6. 2016. Jednalo se o hlasování č. 35, přičemž pro zřízení komise se vyjádřilo 135 poslanců (zástupci všech parlamentních politických stran včetně KSČM). Proti hlasoval pouze poslanec Bronislav Schwarz z ANO.
S informací, že se chystá reorganizace policie, jako první přišly Lidové noviny na začátku června 2016. Ministr vnitra Pelikán následně reorganizaci policie, k níž mělo dojít 1. 7. 2016, odmítl a uvedl, že zvažuje rezignaci na ministerskou funkci. Hnutí ANO podle Pelikána považuje krok za účelový s cílem zastavit vyšetřování závažných kauz, které se dotýkají i politické sféry.
ANO poté požadovalo zrušení plánované reorganizace a začala několikaměsíční verbální přestřelka (zejména) mezi ministrem vnitra za ČSSD Chovancem a předsedou koaličního hnutí ANO Babišem. Andrej Babiš nařkl Milana Chovance z toho, že vedení policie ovlivňuje. Ten považoval Babišovy reakce za hysterické a vinil ho z politizace celé záležitosti. Předseda třetí koaliční strany KDU-ČSL Pavel Bělobrádek se taktéž vyjádřil, že ANO celou skutečnost politizuje a také že kauza byla otevřena stranickým tiskem hnutí ANO. S informacemi totiž přišly Lidové noviny spadající do mediálního domu Mafra, který patří Andreji Babišovi.
Bohuslav Sobotka (ČSSD) připomněl, že tyto záležitosti spadají do kompetence policejního prezidenta a ministerstva vnitra. Na 14. 6. 2016 svolal premiér kvůli sporu Bezpečnostní radu státu. Andrej Babiš oznámil, že se jí nezúčastní. Zde došlo k dohodě, že se reorganizace neuskuteční 1. 7. 2016, ale o měsíc později, tedy 1. srpna 2016. Ministr Chovanec oznámil, že pokud nedostane na radě relevantní a závažný argument, proč reorganizaci zastavit, podepíše ji následující den - 15. 6. 2016. Na týž den premiér svolal dohadovací řízení v koalici.
Ministr Chovanec 15. 6. reorganizaci skutečně podepsal. Babiš přitom již dříve uvedl, že pokud tak učiní, hnutí ANO zřejmě vypoví koaliční smlouvu. To se nakonec nestalo a ANO pouze vzneslo požadavek na revizi koaliční smlouvy, s čímž ČSSD souhlasila.
O nové podobě koaliční smlouvy spolu jednaly stranické špičky koaličních stran 22. 6. 2016, avšak došlo pouze k technickým změnám, strany se zabývaly zpřesněním programových priorit vlády.
Do vládního sporu vstoupil také prezident Miloš Zeman, který vyzval strany ke zklidnění emocí a který také již dříve jednal s oběma hlavními protagonisty sporu - Chovancem a Babišem.
V únoru 2017 vydala parlamentní vyšetřovací komise k reorganizaci policie závěrečnou zprávu (.pdf). V ní konstatovala, že se neprokázalo, že by reorganizace elitních policejních útvarů měla za cíl zkomplikovat vyšetřování citlivých kauz. Andrej Babiš označil tuto zprávu za zmanipulovanou šaškárnu, byť pro její schválení hlasovali členové vyšetřovací komise jednomyslně, tedy včetně zástupce hnutí ANO, poslance Bohuslava Chalupy.