Trestní oznámení ve spojitosti se střetem zájmů Andreje Babiše a proplácením dotací holdingu Agrofert ze strany českých úřadů podali Piráti v listopadu 2019. „Vzhledem k tomu, že tyto úřady svévolně pokračovaly v porušování závazných zákonů, nezbylo Pirátům s ohledem na ochranu veřejných prostředků nic jiného, než se obrátit na vrchní státní zastupitelství s trestním oznámením,“ uvádí například tisková zpráva Pirátů z 3. prosince 2019.
Oznámení se nicméně netýkalo pouze porušování legislativy, která se týká střetu zájmů, ale také trestných činů jako „porušování povinnosti při správě cizího majetku, dotační podvod, poškození finančních zájmů Evropské unie, porušení předpisů o pravidlech hospodářské soutěže, zneužití pravomoci úřední osoby, trestní odpovědnost právnických osob a organizovaná zločinecká skupina“.
K doplnění trestního oznámení pak Piráti přistoupili v říjnu 2020. Právě tehdy totiž Evropská komise poslala České republice odpověď na české stanovisko k auditní zprávě o možném střetu zájmů premiéra Babiše. V této odpovědi Brusel potvrdil dřívější závěry auditu Evropské komise, který se týká čerpání unijních dotací ze strukturálních fondů a z fondu soudržnosti: tedy že premiér Babiš je i nadále ve střetu zájmů, jelikož skrze svěřenské fondy stále ovládá holding Agrofert pobírající unijní dotace.
Veškeré unijní finanční prostředky, které české úřady proplatily Agrofertu za poslední tři roky, tak podle auditu byly přiděleny neoprávněně v rozporu s evropskou i českou legislativou.
V květnu 2019 v souvislosti s probíhajícím šetřením Evropská komise z preventivních důvodů část plateb ze strukturálních a investičních fondů pozastavila. Český Státní zemědělský intervenční fond (SZIF) i přesto nejprve v proplácení pokračoval, po přechodném pozastavení části plateb však od listopadu 2019 opět některé dotace znovu proplácí.
Je však nutné zdůraznit, že se jedná o proplácení starších projektů, které byly nasmlouvané ještě do srpna 2018, kdy začalo platit přísnější nařízení Evropské komise o střetu zájmů. Naopak dotace, o které bylo zažádáno po tomto období, zůstávají zatím preventivně pozastaveny. „Ve vztahu k tomuto finančnímu nařízení i nadále zůstává povinnost SZIF postupovat striktně s péčí řádného hospodáře, tedy setrvat v režimu předběžné opatrnosti a dotace schválené od 2. 8. 2018 nevyplácet,” uvedl (.pdf) generální ředitel SZIF Martin Šebestyán.
Podle vyjádření mluvčí Evropské komise Susanne Conzeové ze srpna 2020 pak společnosti spadající do holdingu Agrofert čerpají pouze dotace, u nichž není riziko možného střetu zájmů.
Ivan Bartoš ve svém tweetu odkazuje na článek, který se zabývá konkrétně případem proplácení dotace Pekárně Zelená louka, jež je součástí holdingu Agrofert. Dotaci na toustovou linku ve výši 100 milionů korun v rámci programu Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost totiž jako neoprávněnou odmítla Evropská komise proplatit. Ze strany českých úřadů směrem k Pekárně Zelená louka, tedy holdingu Agrofert, však již k vyplacení této částky došlo. Podle vyjádření ministryně pro místní rozvoj Kláry Dostálové nicméně Česká republika nebude po zmiňované společnosti dotaci prozatím vymáhat zpět.
Uváděný projekt byl zahájen již na konci roku 2015. Nedostatkům tohoto projektu se na několika stranách věnuje i předběžná auditní zpráva (.pdf, str. 44–49) z května 2019. Nejedná se však o nedostatky v přímé spojitosti s porušováním české a evropské legislativy o střetu zájmů, ale důvody neoprávněnosti dotace jako takové.
K vyplácení peněz ze strany SZIF stále dochází, avšak jedná se ještě o starší dotace schválené i Evropskou komisí. Dotace schválené od srpna 2018 již z preventivních důvodů vypláceny nejsou. Výrok hodnotíme jako zavádějící, jelikož Ivan Bartoš v tweetu spojuje trestní oznámení Pirátů a dotace, které jsou v současné době propláceny holdingu Agrofert, a vytváří tak dojem, že jsou propláceny i ty dotace, které jsou předmětem auditního šetření kvůli střetu zájmů.
