Pod Ministerstvem dopravy existuje celkem 13 organizací, z nichž 6 je organizačními složkami státu, 1 státní organizace, 2 státní podniky, 2 příspěvkové organizace, 1 veřejná výzkumná instituce a 1 fond. Jejich celkový příjem činí přibližně 105 mld. Kč.