Nelze ověřit, zda je „celé podnikatelské prostředí znejistěné“, jak na podnikatele dopadá neustávající diskuze o změnách či jak jsou informováni o své pozici v novém systému. Je však pravdou, že ačkoliv je zákon schválený, stále probíhá diskuze o dílčích změnách a o tom, jací podnikatelé by z EET měli být vyjmuti.
Určitá možná obava z vývoje praxe a fungování zákona o EET byla navozena už samotným projednáváním na půdě Poslanecké sněmovny. Kdy byl proces projednávání zákona napaden neúspěšně 26. května 2016 skupinou opozičních poslanců u Ústavního soudu. Opoziční poslanci - ODS a TOP 09, podali ještě následovně společnou žalobu k stejnému soudu o celkové zneplatnění zákona o EET. Z toho může vycházet část nejasnosti ohledně osudu zákona o EET jako celku.
V současnosti je zákon 112/2016 sb. o elektronické evidenci tržeb přijat a platný. Zákon vyjmenovává explicitně evidované tržby, u kterých je platnost zákona o EET dočasně pozastavena v §37 zákona 112/2016 sb. Ve stejném paragrafu je v bodě 3 uvedeno:
„Vláda může stanovit nařízením, že některé tržby nejsou ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona dočasně evidovanými tržbami.“
Zároveň není pravdou, že by obecně nebylo známé, co do EET patří a odkdy. Finanční správa jednak vydala 31. srpna 2016 metodické pokyny výkladu zákona formou příručky. Na druhou stranu například vydání výše popsané příručky bylo částí odborné veřejnosti přijato s kritikou, že byla vydána na poslední chvíli.
K vysvětlení dotazů mají sloužit i tzv. roadshow EET či setkání s lidmi z oboru, které finanční ředitelství a ministerstvo financí pořádá průběžně přibližně od června roku 2016. K jednotlivým vyjádřením v tisku se ministerstvo financí také snažilo reagovat a vysvětlovat na svých stránkách. Navíc provozuje portál ETržby.cz, kde jsou dostupné aktuální informace včetně toho, na koho a od kdy se daný zákon vztahuje.
Určité nejasnosti se objevili při začátku projednávání daňového vládního balíčku dne 30. listopadu 2016, ke kterému byly přiloženy k projednání i pozměňovací návrhy týkající se zákona o EET. Zájem vzbudil návrh ministra financí Andreje Babiše, na základě jednání s Asociací malých a středních podniků v ČR provést některé změny v tomto novém zákoně s tím, že by se části obchodníků, kteří by přijali paušální daň a mají obrat do 250 tisíc korun, netýkal provoz EET. Bylo také navrženo, aby z kontroly byly vyjmuty platby kartou přes platební brány. Otázkou zůstává, zda by o paušální zdanění výměnou za vyjmutí z EET byl zájem, což by podle předsedy Asociace Karla Havlíčka neměl být zásadní problém. Zavedení EET nevidí jako problém, horší je prý dle jeho slov pocit hysterie vyvolaný mezi podnikateli.
Určité změny navrhla i vládní KDU-ČSL, která by taktéž uvítala vyjmutí podnikatelů, kteří jsou plátci paušální daně, těch jejichž obrat je do 414 tisíc korun ročně či podnikají jako vedlejší činnost s výdělkem do 5041 korun měsíčně, a prodejců na farmářských trzích, kteří na nich prodávají více jak dvě třetiny produkce. Poslanci opozice za ODS a TOP 09 ve svých návrzích rovnou chtějí celý zákon zrušit.
Nejistota tedy souvisí s možným prosazením výjimek navrhovaných ministrem Babišem či KDU-ČSL. ČSSD se však ke změnám vyjádřila zamítavě. Pro všechny podnikatele stále platí postupný náběh dle vln, které vycházejí z platného zákona a jsou například dohledatelné na stránkách tomu zřízených ministerstvem financí.
