Dle stanovisek Rady Vysokých škol (RVŠ), jež je orgánem reprezentace vysokých škol a České konference rektorů (ČKR), která je orgánem reprezentace vysokých škol složeným z jejích rektorů, je financování vysokých škol v dlouhodobém deficitu.
ČKR např. upozorňuje na zmiňovaný deficit již pro rok 2007 (.pdf), a to ve výši 2,28 miliardy Kč. Tiskové prohlášení (.doc) RVŠ sleduje a predikuje deficit rozpočtu vysokých škol od roku 2009 (pro rok 2009 1,4 miliardy Kč, 2010 3,1 miliardy Kč a 2011 4,1 miliardy Kč).