Jihočeský kraj se na financování projektu splavnění Vltavy nepodílel, projekt spadá pod Ředitelství vodních cest ČR. Finance poskytl Státní fond dopravní infrastruktury, avšak také Evropská unie prostřednictvím fondu pro regionální rozvoj. Správcem toku je Povodí Vltavy, s.p.