K rušení protiepidemických opatření Ministerstva zdravotnictví přistoupily soudy opakovaně. V listopadu 2020 bylo zrušeno opatření nařizující nošení roušek v budovách a na zastavěných prostranstvích, v únoru poté nařízení o povinném testování zaměstnanců domovů pro seniory. Ke zrušení dalšího opatření, které se týkalo nutnosti předložit negativní test před návratem ze zahraničí a které bylo vydáno za doby působení ministra Jana Blatného, došlo v březnu 2021. V dubnu poté Nejvyšší správní soud kvůli nedostatečnému odůvodnění rozhodl, že dřívější opatření související s testováním ve firmách bylo v rozporu se zákonem. Později byla zrušena i opatření o povinném testování pracovníků malých podniků či OSVČ.
Za doby působení tehdejšího ministra Petra Arenbergera byla zrušena opatření omezující obchod a setkávání, nařízení ohledně testování zaměstnanců a regulace provozu restaurací a kasin. Za nezákonné bylo také označeno tehdy již ministerstvem zrušené opatření zakazující noční prodej ve večerkách, nařízení o provozu vleků a lanovek či opatření týkající se uzavření restaurací.
Soud v červnu za nezákonná zpětně označil také opatření o uzavření škol, nařízení týkající se omezení provozu sportovišť a pro nedostatečné odůvodnění také povinnost nošení ochrany dýchacích cest. Stejně tomu bylo i v případě opatření vztahujícího se k omezení stravovacích a ubytovacích služeb z přelomu dubna a května. Podobný závěr Nejvyšší správní soud vyslovil i v případě opatření Ministerstva zdravotnictví ze 14. května 2021, které nezahrnulo hladinu protilátek mezi faktory umožňující vstup do některých vnitřních prostor nebo účast na hromadných akcích.
V červnu 2021 zrušil (.pdf) Městský soud v Praze opatření vydané ministerstvem již za doby úřadování Adama Vojtěcha, které nařizovalo absolvovat test před návratem do České republiky individuální dopravou.
Další zrušené opatření se týká povinnosti nošení roušek a respirátorů uvnitř budov. Nejvyšší správní soud postrádal dostatečné odůvodnění červnového opatření a dal Ministerstvu zdravotnictví tři dny na nápravu. Ministerstvo nicméně v této lhůtě stihlo nařízení upravit, povinnost nosit ochranu úst a nosu tak nadále zůstává. Právě opatření týkající se povinnosti nosit ochranu úst a nosu tedy bylo soudem rušeno opakovaně, jak uvádí Markéta Pekarová Adamová.
Na fakt, že některá opatření byla rušena opakovaně, a to pro stejné vady, upozornil i sám Nejvyšší správní soud: „V právním státě není možné, aby moc výkonná nerespektovala jasně vyjádřený názor soudu a kladla překážky moci soudní při dbání na dodržování zásad demokratického právního státu, který je založen na úctě k právům a svobodám člověka a občana. Soud po ministerstvu pouze vyžaduje naplnění požadavků na odůvodnění, které jasně stanoví pandemický zákon. Přesto tomuto požadavku není ministerstvo schopno dostát.“
Zatím naposledy zrušil pražský městský soud opatření Ministerstva zdravotnictví týkající se povinnosti vyplnit příjezdový formulář po návratu ze zahraničí a také část opatření, které nařizovalo pobýt minimálně pět dní po návratu v takzvané samoizolaci pro lidi vracející se ze zemí s vysokou mírou rizika nákazy.