Andrej Babiš je opozicí a Miroslavem Kalouskem často obviňován ze střetu zájmů kvůli souběhu politické funkce a podnikání. Že v takovém střetu zájmů je, ostatně přiznává i sám Babiš. V hodnocení se ale budeme zabývat jen konkrétními případy obsaženými ve výroku Miroslava Kalouska. Ten hodnotíme jako zavádějící, protože se jedná o buď spekulace ("dotační podmínky si nechal upravit") nebo jsou dané případy stále vyšetřovány (Agrotec, Čapí hnízdo) a není tak jasné pochybení, které Kalousek Babišovi přisuzuje.
Kalousek ve svém výroku naráží na kauzu statku Čapí hnízdo, jehož rekonstrukce na luxusní ekofarmu byla částečně financována z evropských dotací. Ty by patrně nemohly být přiděleny Agrofertu jako velké firmě, v roce 2008 při podání žádosti o dotace však firma Čapí hnízdo oficiálně součástí koncernu Agrofert nebyla, vrátila se tam až v roce 2014. Podle trestního oznámení, na základě kterého je případ nyní prošetřován, je však pravděpodobné, že firma byla součástí skupiny Agrofert po celou tuto dobu. Potvrzují to i některé veřejné výroky Andreje Babiše. "Napadlo mě to, když jsem s dětmi čekal ve frontě v pražské zoo na krmení koz. Byla tam obrovská fronta a já nesnáším čekání. Tak jsem si řekl, že udělám podobný projekt," říká Babiš v dokumentu Matrix AB.
Součástí skupiny Agrofert je naopak bez všech pochybností firma Agrotec, která figuruje v kauze České pošty, kde se mělo jednat o manipulaci s veřejnými zakázkami. "To je nesmysl a lež. Celá kauza Agrotec je vymyšlená. Je to pro mě účelová kauza s cílem mě poškodit. Ta firma nic neudělala. Šlo o telefonní rozhovor o šesti a půl milionech korun, žádný kontrakt ovšem neproběhl. Neznám detaily. Podali jsme na to všechny možné stížnosti," řekl k tomu Andrej Babiš v rozhovoru pro Lidové noviny. V srpnu 2015 ale policie na základě vyšetřování navrhla obvinit několik fyzických i právnických osob včetně právě Agrotecu. Dodejme také, že daná kauza proběhla před tím, než se Andrej Babiš stal poslancem a následně i ministrem. Není znám také výsledek, neboť daná věc je v běhu.
V případě zvýšení alokace dotací ze 20 na 40 % pro velké firmy se jedná o případ, na který upozornil server Neovlivní.cz. Podle něj měl Evropský úřad pro boj proti podvodům (OLAF) zahájit vyšetřování ve věci zvýšení hranice čerpání eurodotací pro velké firmy, ve které měl být zapojený místopředseda představenstva Agrofertu Petr Cingr. Ten měl v této věci z pozice prezidenta Svazu chemickému průmyslu lobbovat u náměstka Ministerstva průmyslu a obchodu, které pak změnu skutečně prosadilo. Agrofert jakokoliv spojitost s touto kauzou odmítá, podle 1. místopředsedy ANO Jaroslava Faltýnka, který měl setkání svolat, se setkání zúčastnilo přibližně dvacet sdružení, asociací a zástupců ministerstev a jednalo se o standardní a transparentní vyjednávání. OLAF pro Neovlivní odmítal případ komentovat a ani na jejich webu se nepodařilo dohledat žádné informace o vyšetřování.
Pokud jde o úpravu daní, na ty má samozřejmě Andrej Babiš z pozice ministra financí nemalý vliv, je předkladatelem změn daňové agendy. Za dosavadní dva roky však vláda nepředložila návrh, který by významně upravoval daně z příjmu právnických osob. Jediná úprava daní, která mohla výrazně přilepšit Babišovu podnikání, tak zůstává široce diskutované snížení spotřební ceny u biopaliv, které má podpořit část byznysu ministra financí. Miroslav Kalousek dokonce ve Sněmovně navrhnul zákon přejmenovat na "návrh zákona, kterým se ve prospěch skupiny Agrofert mění zákon č. 353/2003 Sb." - tento návrh samozřejmě neprošel. K tématu jsme napsali i blog, který shrnuje jak dopad na podnikání Andreje Babiše, tak sněmovní peripetie, které projednávání zákona provázely.
