V některých vyjádřeních Petr Fiala v minulosti zmiňoval, že nestaví kritiku Andreje Babiše na kauze Čapí hnízdo, ale především na činnosti Babišovy vlády. V souvislosti s rozhodnutími soudu v této kauze Fiala uváděl, že je respektuje a že je třeba Babiše porazit ve volbách.